دفتر طرح و برنامه يكي از دفاتر زیرمجموعه حوزه رياست مؤسسه است که در چارچوب پنج گروه در راستای اسناد بالادستی و تحقق سند راهبردی مؤسسه، فعالیت خود را سامان داده و همانگونه که از نام دفتر بر می آید، جنس فعالیتهای آن ستادی است. بنابراین پشتیبانی ستادی از واحدهای صفی به منظور افزایش کارایی و اثربخشی مؤسسه را می توان محوری ترین مأموریت طرح و برنامه دانست. دفتر طرح و برنامه انجام این مأموریت محوری را در سازماندهی کنونی از طریق پنج گروه زیر پیگیری می کند:

1. گروه آمار و ارزيابي عملکرد سازماني با مأموریت هایی از قبیل:
   1. گردآوري و يکپارچه‌سازي آمار و اطلاعات؛
   2. ارائه آمار، اطلاعات و تحليل هاي آماري موردنياز بخش هاي مختلف موسسه؛
   3. ارزيابي جامع عملکرد سازماني و سنجش آن‌ها با اهداف کلان موسسه؛
   4. کشف ريشه هاي مشکلات و ارائه راهکارها در جهت بهبود عملکرد سازماني.
2. گروه مطالعات و برنامه‌ريزي راهبردي با مأموریت هایی از قبیل:
   1. انجام مطالعات راهبردي و کلان؛
   2. طراحي و تبيين برنامه هاي راهبردي موسسه؛
   3. هماهنگ سازي سياست ها و برنامه‌هاي معاونت ها و مراکز وابسته با همکاري و تعامل گروه برنامه‌ريزي عملياتي در راستاي تحقق اهداف و چشم انداز؛
   4. جلوگيري از انحراف برنامه‌هاي عملياتي از مقتضاي برنامه‌ها و اهداف راهبردي با همکاري و تعامل معاونت‌ها و مراکز وابسته و کارشناسان مرتبط.
3. گروه برنامه‌ريزي عملياتي و بودجه با مأموریت هایی از قبیل:
   1. طراحي و تبيين مدل‌ها، روش‌ها و قالب‌های برنامه هاي عملياتي موسسه؛
   2. هماهنگ سازي راهبردها، سياست ها و برنامه‌هاي بخشي (معاونت ها و مراکز وابسته) در راستاي تحقق برنامه‌ها و اهداف راهبردي و چشم انداز با همکاري گروه برنامه‌ريزي راهبردي؛
   3. تدوين بودجه سالانه و نظارت بر نحوه تخصيص و هزينه کرد آن.
4. گروه ساختار، فرايندها و مقررات با مأموریت هایی از قبیل:
   1. بازنگري و طراحي ساختار سازماني و به‌روزآوري آن؛
   2. شناسايي، طراحي و بهبود فرايندها و روش هاي اثربخش و کارآمد انجام فعاليت‌هاي سازماني
   3. ساماندهی و تنقیح قوانين و مقررات.
5. گروه مطالعات و برنامه ريزي منابع انساني با مأموریت هایی از قبیل:
   1. مطالعه و طراحي نظام‌هاي نيروي انساني
   2. برنامه ريزي جذب نيروي انساني،
   3. برنامه ریزی توانمندسازي سازماني نیروی انسانی،
   4. برنامه ریزی حفظ و نگهداري بهینه کارکنان.