از میان دانش‌پژوهان کارشناسی؛ دانش‌پژوه در مقطع کارشناسی ارشد می‌پذیرد مؤسسه آموزشی و پژوهشی امام خمینی(ره) جهت سال تحصیلی 99-98 برای مقطع کارشناسی ارشد از میان فارغ‌التحصیلان کارشناسی مؤسسه در 10 رشته دانش‌پژوه می‌پذیرد. به گزارش روابط عمومی مؤسسه آموزشی و پژوهشی امام خمینی(ره) دانش‌پژوهان پس از قبولی در آزمون ورودی در یکی از رشته‌های تفسیر و علوم قرآن، فلسفه، فلسفه دین، علوم تربیتی، علوم سیاسی، اقتصاد، حقوق، فلسفه علوم اجتماعی، روان‌شناسی و عرفان اسلامی به تحصیل خود ادامه دهند. ملبس بودن، اتمام سطح 2 حوزه و اشتغال در سطح 3، عدم اشتغال به تحصیل در دانشگاه‌ها یا مؤسسات آموزش عالی دیگر و قبولی در آزمون ورودی از شرایط شرکت در دوره کارشناسی ارشد می باشد. ثبت‌نام از طریق سامانه دانش‌پژوهی http://student.iki.ac.ir از 17 آذرماه آغاز و تا 27 آذرماه ادامه دارد.